Analysis of functional candidate genes for meat quality and carcass traits in pigs
Analysis of functional candidate genes for meat quality and carcass traits in pigs
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DissertationPrüfungsdatum
11.05.2010Datum der Veröffentlichung
04.06.2010Erstgutachter
Wimmers, KlausZweitgutachter
Schellander, KarlMetadaten
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Inhalt
Twelve genes, BVES, SLC3A2, AHNAK, ZDHHC5, CS, LYZ, KERA, COQ9, UN (a nonannotated EST), EGFR, VTN and ZYX, whose candidacy for traits related to water-holding capacity of meat arises from their trait-dependent differential expression and/or trait correlated expression, were selected for analysis. Based on in silico analysis SNPs were detected, confirmed by sequencing and used for genotyping. For the first eleven genes, the SNPs were genotyped in ca. 1,800 animals from 6 pig populations including commercial herds of Pietrain (PI(a/b)), Pietrain x (German Large White x German Landrace) (PIF1(a/b/c)), and German Landrace (DL(a/b)) and one experimental F2-population Duroc x Pietrain (DUPI). For ZYX, the SNPs were genotyped in 870 animals from 4 pig populations including PI, DL, F1 and PIF1. Comparative and genetic mapping established the location of BVES on SSC1, of SLC3A2, AHNAK and ZDHHC5 on SSC2, of CS, LYZ and KERA on SSC5, of COQ9 on SSC6, of UN on SSC7, of EGFR on SSC9, of VTN on SSC12 and of ZYX on SSC18 respectively, coinciding with QTL regions for carcass and meat quality traits. BVES, SLC3A2, AHNAK, CS, LYZ, UN, VTN and ZYX revealed association with drip loss and also with several other measures of carcass and meat quality traits. KERA was associated with loin eye area and pH. Moreover, several carcass fatness traits and meat quality traits such as meat color and thawing loss were associated with COQ9 and EGFR. However, none of the candidate genes showed a significant association to a particular trait across all populations. This may be due to breed specific effects that are related to the differences in carcass and meat quality of these pig breeds. This study reveals statistic evidence for a link of genetic variation at these loci or close to them with phenotypic variation and promotes those twelve candidate genes as functional and/or positional candidate genes for carcass and meat quality traits. Analyse von funktionalen Kandidatengenen für Fleischqualität und Schlachtkörpermerkmale in Schweinen
Zwölf Gene, BVES, SLC3A2, AHNAK, ZDHHC5, CS, LYZ, KERA, COQ9, UN (ein unannotiertes EST), EGFR, VTN und ZYX, deren Kandidatenstatus für Merkmale des Wasserbindungsvermögens von Fleisch auf ihrer merkmalsabhängigen differentiellen Expression und/oder merkmalskorrelierten Expression beruht, wurden für die Analyse ausgewählt. Basierend auf in silico-Analysen wurden SNPs detektiert, die durch Sequenzierung bestätigt und dann zur Genotypisierung verwendet wurden. Für die ersten elf Gene wurden die SNPs in ca. 1.800 Tieren aus sechs Schweinepopulationen genotypisiert; dazu gehörten kommerzielle Herden der Rassen Pietrain (PI(a/b)), Deutsche Landrasse (DL(a/b)) und eine Drei-Rassen-Kreuzung aus Pietrain x (Deutsches Edelschwein x Deutsche Landrasse) (PIF1(a/b/c)) sowie eine experimentelle F2-Population aus Duroc x Pietrain (DUPI). Für ZYX wurden die SNPs in 870 Tieren aus vier Schweinepopulationen genotypisiert; dazu gehörten PI, DL, F1 und PIF1. Genetische Kartierung etablierte die Lage von BVES auf SSC1, von SLC3A2, AHNAK und ZDHHC5 auf SSC2, von CS, LYZ und KERA auf SSC5, von COQ9 auf SSC6, von UN auf SSC7, von EGFR auf SSC9, von VTN auf SSC12 und von ZYX auf SSC18, jeweils in Regionen, die mit QTL-Regionen für Schlachtkörper- und Fleischqualitätsmerkmale zusammenfallen. BVES, SLC3A2, AHNAK, CS, LYZ, UN, VTN und ZYX ließen sowohl Assoziationen mit Tropfsaftverlust als auch mit verschiedenen anderen Messgrößen für Schlachtkörper- und Fleischqualitätsmerkmale erkennen. KERA war mit der Kotelettfläche und dem pH-Wert assoziiert. Außerdem waren verschiedene Schlachtkörper- Fettmerkmale und Fleischqualitätsmerkmale wie z.B. OPTO und Auftauverlust mit COQ9 und EGFR assoziiert. Allerdings zeigte keines der Kandidatengene eine signifikante Assoziation mit einem bestimmten Merkmal in allen Populationen. Dies könnte an den rassenspezifischen Effekten liegen, die die Unterschiede in der Schlachtkörper- und Fleischqualität dieser Schweinerassen bedingen. Diese Studie zeigt statistische Hinweise auf eine Verbindung von genetischer Variation an oder in der Nähe dieser Loci und phänotypischer Variation. Dies bestätigt die zwölf Kandidatengene als funktionale und/oder positionelle Kandidatengene für Schlachtkörper- und Fleischqualitätsmerkmale.
Zwölf Gene, BVES, SLC3A2, AHNAK, ZDHHC5, CS, LYZ, KERA, COQ9, UN (ein unannotiertes EST), EGFR, VTN und ZYX, deren Kandidatenstatus für Merkmale des Wasserbindungsvermögens von Fleisch auf ihrer merkmalsabhängigen differentiellen Expression und/oder merkmalskorrelierten Expression beruht, wurden für die Analyse ausgewählt. Basierend auf in silico-Analysen wurden SNPs detektiert, die durch Sequenzierung bestätigt und dann zur Genotypisierung verwendet wurden. Für die ersten elf Gene wurden die SNPs in ca. 1.800 Tieren aus sechs Schweinepopulationen genotypisiert; dazu gehörten kommerzielle Herden der Rassen Pietrain (PI(a/b)), Deutsche Landrasse (DL(a/b)) und eine Drei-Rassen-Kreuzung aus Pietrain x (Deutsches Edelschwein x Deutsche Landrasse) (PIF1(a/b/c)) sowie eine experimentelle F2-Population aus Duroc x Pietrain (DUPI). Für ZYX wurden die SNPs in 870 Tieren aus vier Schweinepopulationen genotypisiert; dazu gehörten PI, DL, F1 und PIF1. Genetische Kartierung etablierte die Lage von BVES auf SSC1, von SLC3A2, AHNAK und ZDHHC5 auf SSC2, von CS, LYZ und KERA auf SSC5, von COQ9 auf SSC6, von UN auf SSC7, von EGFR auf SSC9, von VTN auf SSC12 und von ZYX auf SSC18, jeweils in Regionen, die mit QTL-Regionen für Schlachtkörper- und Fleischqualitätsmerkmale zusammenfallen. BVES, SLC3A2, AHNAK, CS, LYZ, UN, VTN und ZYX ließen sowohl Assoziationen mit Tropfsaftverlust als auch mit verschiedenen anderen Messgrößen für Schlachtkörper- und Fleischqualitätsmerkmale erkennen. KERA war mit der Kotelettfläche und dem pH-Wert assoziiert. Außerdem waren verschiedene Schlachtkörper- Fettmerkmale und Fleischqualitätsmerkmale wie z.B. OPTO und Auftauverlust mit COQ9 und EGFR assoziiert. Allerdings zeigte keines der Kandidatengene eine signifikante Assoziation mit einem bestimmten Merkmal in allen Populationen. Dies könnte an den rassenspezifischen Effekten liegen, die die Unterschiede in der Schlachtkörper- und Fleischqualität dieser Schweinerassen bedingen. Diese Studie zeigt statistische Hinweise auf eine Verbindung von genetischer Variation an oder in der Nähe dieser Loci und phänotypischer Variation. Dies bestätigt die zwölf Kandidatengene als funktionale und/oder positionelle Kandidatengene für Schlachtkörper- und Fleischqualitätsmerkmale.
Klassifikation (DDC)
630 Landwirtschaft, VeterinärmedizinSrikanchai, Tiranun: Analysis of functional candidate genes for meat quality and carcass traits in pigs. - Bonn, 2010. - Dissertation, Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn.
Online-Ausgabe in bonndoc: https://nbn-resolving.org/urn:nbn:de:hbz:5N-21494
Online-Ausgabe in bonndoc: https://nbn-resolving.org/urn:nbn:de:hbz:5N-21494
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