Tissue Type and Gender Effects on DNA Methylation at specific Loci in Mice

Abstract

Gender dependent methylation differences in a cohort of 100 CD1 mice in IAP, LINE-1, Lit1, myosin light chain, PEG3 and SnrpnD1 genes.

Es sind zum Teil erhebliche Unterschiede der DNS-Methylierung an einzelnen Loci und repetitiven Elementen beim Menschen in verschiedenen Zellen und Geweben beobachtet worden. Es wurde ebenfalls über mehrere inter-und intrafragmentäre Korrelationsfälle des DNSMethylierungsmusters berichtet. Um das Ausmaß und die Reproduzierbarkeit solcher Korrelation zu untersuchen analysierten wir die Korrelation der Methylierung zwischen sieben verschiedenen Loci in neun verschiedenen Geweben in einer Population von 100 gesunden sieben Wochen alten CD1 Mäuse. Wir haben hochquantitative Methoden zur genauen Messung der Methylierung bei zwei einzelnen Loci in Promoter des Alpha- Aktin und der leichten Myosin-Kette, an drei unterschiedlich methylierten Regionen der Peg3, SNRPN und LIT1-Genen mit imprinted Loci, und an zwei repetitiven Elementen in den LINE-1 und IAP-LTR-Genen in den verschiedenen Geweben eingesetzt.<br /> In dieser Mäusepopulation haben wir geschlechtsabhängige Methylierungsmuster sowie intergewebliche Korrelation an mehreren Loci im Gehirn und Milz beobachtet. Da die Korrelation zwischen Geweben bisher selten beschrieben wurde, haben wir die Ergebnisse durch erneute Analyse unter Verwendung von SIRPH und Pyrosequenzierung für Milz (intergewebliche Korrelation) und Zungenmuskulatur (geschlechtsassozierte Korrelation) bestätigt, die Korrelationsmuster konnten auch mi diesen Methoden nachgewiesen werden. Diese Experimente sind hier ausführlich geschildert.<br /> Bei ähnlichen Messungen drei Monate später und mit einer anderen, unter ähnlichen Bedingungen gezüchteten Mäusepopulation, konnten keine gewebs- oder geschlechtsabhängige Korrelationsmuster nachgewiesen werden. Hinsichtlich der Größe und Variabilität des Epigenoms sind hier zusätzliche Untersuchungen, die eine größere Anzahl von Loci und eine größere Population umfassen, erforderlich, um Methylierungsmuster eine Systematik zuordnen zu können.