Mende, Meinhard: Familien-basierte Assoziationsanalyse mit Haplotypen : eine Simulationsstudie zum Vergleich statistischer Methoden. - Bonn, 2009. - Dissertation, Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn.
Online-Ausgabe in bonndoc: https://nbn-resolving.org/urn:nbn:de:hbz:5N-18617
@phdthesis{handle:20.500.11811/4125,
urn: https://nbn-resolving.org/urn:nbn:de:hbz:5N-18617,
author = {{Meinhard Mende}},
title = {Familien-basierte Assoziationsanalyse mit Haplotypen : eine Simulationsstudie zum Vergleich statistischer Methoden},
school = {Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn},
year = 2009,
month = sep,

note = {Bei der Aufklärung der Ursachen komplexer Krankheiten helfen Assoziationsverfahren genetische Varianten zu finden, die das Krankheitsrisiko beeinflussen. Familien-basierte Methoden haben dabei den Vorteil, nicht anfällig gegen Populationsstratifikation zu sein. Ziel vorliegender Studie ist es, Assoziationsmethoden hinsichtlich des Fehlers 1. Art, der statistischen Power und anderer Eigenschaften zu vergleichen. Im Frühjahr / Sommer 2006 wurden Verfahren, welche auf Assoziation von Haplotypen eng gekoppelter Marker mit binärem Krankheitsmerkmal testen, recherchiert und vier typische Programme in die Analyse einbezogen.
Nach verschiedenen Modellen unter der Null- bzw. Alternativhypothese erzeugte ein Simulationsprogramm Familiendaten. Diese wurden von den oben beschriebenen Programmen analysiert und die Ergebnisse wurden zusammengefasst und ausgewertet.
Die Tests von FBAT und Famhap sowie die Permutations-basierten Tests von Hotel_Fam sind gültig, d. h. sie halten das Fehlerniveau 1. Art unter der Nullhypothese gut ein. Dagegen sind die asymptotischen Verfahren von Hotel_Fam bzw. Unphased gelegentlich antikonservativ.
Die Power der Methoden unterscheidet sich je nach dem Krankheits-Modell, der Marker- sowie der Familienstruktur sehr. Während der permutationsbasierte T2-Test (Hotel_Fam) mit Genotyp-Codierung mit hoher Effizienz single-Marker-Effekte im dominanten oder rezessiven Modell findet, versagt er wie auch andere 'Multi-Marker-Verfahren' bei Haplotyp-Effekten.. Hinsichtlich einer totalen Statistik über alle Markerkombinationen ist das Verfahren nach Zhao im Programm Famhap zum Testniveau 5% vorteilhaft. Auch der Markerkombinations-spezifische 'globale' Haplotyp-Test von FBAT kann durch eine gleichmäßig gute Power überzeugen. Dagegen haben die Unphased-Verfahren sowohl hinsichtlich des Fehlers 1. Art als auch der Power vor allem für kleinere Stichproben sehr unterschiedliche Performance.
Weitere Untersuchungen betreffen die Laufzeiten der Programme, die Analyse von Daten mit unvollständigen Genotypen, das Verhalten für unterschiedliche Familientypen und die Verteilung der p-Werte unter der Alternativhypothese. Abgerundet wird die Studie durch die Analyse eines realen Datensatzes.
Einerseits wird deutlich, dass die Auswahl einer effektiven Methode zur Aufdeckung potentieller Risikoloci sehr von der konkreten Situation abhängt. Andererseits belegt die Studie einmal mehr, dass von den Programmen ausgegebene p-Werte nur sehr bedingt als Maßzahl der Evidenz für Assoziation interpretiert werden können.},

url = {http://hdl.handle.net/20.500.11811/4125}
}

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