Osang, Luisa Karla Marianne: Charakterisierung des viralen Erregerspektrums bei akuten Atemwegsinfekten von Kindern und Erwachsenen mittels Tiefsequenzierung. - Bonn, 2017. - Dissertation, Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn.
Online-Ausgabe in bonndoc: https://nbn-resolving.org/urn:nbn:de:hbz:5n-47667
@phdthesis{handle:20.500.11811/6976,
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author = {{Luisa Karla Marianne Osang}},
title = {Charakterisierung des viralen Erregerspektrums bei akuten Atemwegsinfekten von Kindern und Erwachsenen mittels Tiefsequenzierung},
school = {Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn},
year = 2017,
month = aug,

note = {Zu respiratorischen Viren gehören unter Anderem die in der Routinediagnostik erfassten Erreger Rhinovirus (RV), Respiratorisches Synzytialvirus (RSV), Adenovirus (ADV), Enterovirus (EV), Parainfluenzavirus Serotyp 1 - 4 (PIV 1 - 4), humanes Metapneumovirus (HMPV), humanes Coronavirus HCoV-NL63, HCoV-OC43, HCoV-229E und HCoV-HKU1 sowie humanes Parechovirus A und B (HPeV). Als Probenmaterial dienten alle im Jahr 2012 vom UKB in das Institut für Virologie verschickten Proben von Patienten mit einem akuten Atemwegsinfekt. Das Patienten- und Probenkollektiv der als positiv eingestuften Proben wurde hinsichtlich Alter, Geschlecht, Erregerverteilung und Saisonalität der Erreger charakterisiert. Im Rahmen eines Workflows, anhand dessen eine solch große Anzahl an Proben untersucht werden kann (n=737), wurden – nach zuvor durchgeführter generischer nested PCR und je nach Klarheit der Banden in der durchgeführten Elektrophorese – zwei Sequenziermethoden ergänzend angewandt: die Sangersequenzierung im Sinne der Kettenabbruchmethode und die Tiefsequenzierung, im Speziellen die Pyrosequenzierung, die anhand einer Neusynthese funktioniert und auch bei unbekanntem viralen Material möglich ist. Die Ergebnisse der Sangersequenzierung ergaben Virustreffer sowohl in ursprünglich als negativ eingestuften (u. A. Parainfluenza- und Parechovirus-Sequenzen) wie auch in ursprünglich als positiv eingestuften Proben: Die phylogenetische Analyse der erhaltenen VP1-Fragmente von zwei Cardiovirussequenzen im BLAST-Abgleich mit der Viruslibrary ergab die Zuordnung zu Saffold-2 A bzw. Saffold-2 B. Die Ergebnisse der Tiefsequenzierung, welche erfolgreich durchgeführt worden ist, sind konform mit den generischen PCRs und spiegeln das virale Spektrum akuter Atemwegsinfekte wider. Zudem ergab der tBLASTx-Abgleich 5 Rhinovirus-Sequenzen, deren Genotypisierung in der VP3-Region eine maximale Identität mit der Viruslibrary von nur 89 % zeigt, was für einen neuen Typ sprechen könnte. In Conclusio können die genannten Ergebnisse der ständigen Optimierung der Diagnostik bei akuten Atemwegsinfekten dienen. Die Tiefsequenzierung in Verbindung mit generischer Amplifikation birgt zudem viele Vorteile hinsichtlich der Detektion viralen Materials, muss dafür aber noch im zeitlichen und wirtschaftlichen Sinne angepasst werden.},
url = {http://hdl.handle.net/20.500.11811/6976}
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